src/Makefile.in       |   14 +++++-----
 src/pisa/configure.ac |   67 +++++++++----------------------------------------
 2 files changed, 19 insertions(+), 62 deletions(-)

diff --git a/src/Makefile.in b/src/Makefile.in
index 70781f3..b11db04 100755
--- a/src/Makefile.in
+++ b/src/Makefile.in
@@ -778,8 +778,8 @@ chainsaw : $(chainsawobjs)
 	eval $(CXX) $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o chainsaw $(chainsawobjs) $(LDCXXFLAGS)
 pdbcur.o pcur_funcs.o ncont.o coord_format.o pdb_merge.o chainsaw.o: # dependencies at end
 	@$(SETFLAGS) xxx=1 ; \
-	echo $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp ; 
-	eval $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp
+	echo $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp ; 
+	eval $(CXX) -I$(mmdb_appdir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${mmdb_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(mmdb_appdir)/`basename $@ .o`.cpp
 
 ### bp3, afro, gcx
 
@@ -813,8 +813,8 @@ gcx : libbp3 $(gcxobjs)
 
 $(libbp3objs) $(bp3objs) $(afroobjs) $(gcxobjs) : # dependencies at end
 	@$(SETFLAGS) xxx=1 ; \
-	echo $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C ; \
-	eval $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C
+	echo $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C ; \
+	eval $(CXX) -I$(bp3dir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${bp3_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(bp3dir)/`basename $@ .o`.C
 
 ### crunch2 pmf
 
@@ -853,7 +853,7 @@ cif2xml : $(cif2xmlobjs)
 cross_validate : $(cross_validateobjs)
 	@$(SETFLAGS); rm -f cross_validate; eval $(CXX) $${harvest_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o cross_validate $(cross_validateobjs) $(LDCXXFLAGS)
 cif2xml.o cross_validate.o : # dependencies at end
-	@$(SETFLAGS); eval $(CXX) -I$(harvest_appdir) -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $${harvest_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(harvest_appdir)/`basename $@ .o`.cpp
+	@$(SETFLAGS); eval $(CXX) -I$(harvest_appdir) -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $${harvest_app_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -c -o $@ $(harvest_appdir)/`basename $@ .o`.cpp
 
 pdb_extractdir = $(srcdir)/harvest_app_/pdb_extract
 pdb_extract_suite :
@@ -873,8 +873,8 @@ $(dev_tools_ctargets) :
 $(dev_tools_cxxtargets) :
 	@$(SETFLAGS) xxx=1; \
 	  rm -f $@; \
-	  echo $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $(LDCXXFLAGS) ;\
-	  eval $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) -I$(incdir)/mmdb $(LDCXXFLAGS)
+	  echo $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $(LDCXXFLAGS) ;\
+	  eval $(CXX) $${dev_tools_FLAGS-"$(CXXFLAGS)"} -o $@ $(dev_toolsdir)/$@.cpp -I$(incdir) `pkg-config --cflags mmdb` $(LDCXXFLAGS)
 
 ### mlphare
 mlphare:
diff --git a/src/pisa/configure.ac b/src/pisa/configure.ac
index 81afdda..044b6f8 100755
--- a/src/pisa/configure.ac
+++ b/src/pisa/configure.ac
@@ -31,64 +31,21 @@ AC_CHECK_FUNCS([floor pow rint sqrt])
 # test for function in m
 AC_CHECK_LIB([m], [sqrt])
 
-dnl Optional: Check for MMDB.
-AM_PATH_MMDB(,
-  [ if test "x$mmdb_prefix" != x ; then
-      if test "x$ac_MMDB_CXXFLAGS" != x && test "x$ac_MMDB_LDOPTS" = x ; then 
-        case "$ac_MMDB_CXXFLAGS" in
-        *src/mmdb )
-        ac_MMDB_LDOPTS=`echo "$ac_MMDB_CXXFLAGS" | sed s#src/mmdb#src#g`
-        ;;
-        *include/mmdb )
-        ac_MMDB_LDOPTS=`echo "$ac_MMDB_CXXFLAGS" | sed s#include/mmdb#lib#g`
-        ;;
-        *)
-        esac
-	MMDB_CXXFLAGS="$ac_MMDB_CXXFLAGS"
-        MMDB_LIBS=`echo "$ac_MMDB_LDOPTS -lmmdb" | sed s#-I#-L#`
-        AC_MSG_WARN([assuming library $MMDB_LIBS headers $MMDB_CXXFLAGS])
-      else
-        MMDB_CXXFLAGS="-I$mmdb_prefix/src -I$mmdb_prefix/src/mmdb -I$mmdb_prefix/include -I$mmdb_prefix/include/mmdb"
-        MMDB_LIBS="-L$mmdb_prefix/src -L$mmdb_prefix/lib -lmmdb"
-        AC_MSG_WARN([assuming library $MMDB_LIBS headers $MMDB_CXXFLAGS])
-      fi
-    else
-     AC_MSG_ERROR([mmdb not found])
-    fi
-  ]
-)
+PKG_CHECK_MODULES([MMDB],[mmdb])
+PKG_CHECK_MODULES([SSM],[ssm])
+
+MMDB_CXXFLAGS=${MMDB_CFLAGS}
+
+AC_SUBST([MMDB_CFLAGS])
+AC_SUBST([MMDB_CXXFLAGS])
+AC_SUBST([SSM_CFLAGS])
+
+AC_SUBST([MMDB_LIBS])
+AC_SUBST([SSM_LIBS])
 
-ac_saved_CXXFLAGS=$CXXFLAGS
-ac_saved_LIBS=$LIBS
 CXXFLAGS="$CXXFLAGS $MMDB_CXXFLAGS"
 LIBS="$MMDB_LIBS $LIBS"
-AM_PATH_SSM(,
-  [ if test "x$ssm_prefix" != x ; then
-      if test "x$ac_SSM_CXXFLAGS" != x && test "x$ac_SSM_LDOPTS" = x ; then 
-        case "$ac_SSM_CXXFLAGS" in
-        *lib/ssm )
-        ac_SSM_LDOPTS=`echo "$ac_SSM_CXXFLAGS" | sed s#lib/ssm#lib#g`
-        ;;
-        *include/ssm )
-        ac_SSM_LDOPTS=`echo "$ac_SSM_CXXFLAGS" | sed s#include/ssm#lib#g`
-        ;;
-        *)
-        esac
-        SSM_CXXFLAGS="$ac_SSM_CXXFLAGS"
-        SSM_LIBS=`echo "$ac_SSM_LDOPTS -lssm" | sed s#-I#-L#`
-        AC_MSG_WARN([assuming library $SSM_LIBS headers $SSM_CXXFLAGS])
-      else
-        SSM_CXXFLAGS="-I$ssm_prefix/include/ssm -I$ssm_prefix/lib/ssm"
-        SSM_LIBS="-L$ssm_prefix/lib -L$ssm_prefix/lib/ssm -lssm"
-        AC_MSG_WARN([assuming library $SSM_LIBS headers $SSM_CXXFLAGS])
-      fi
-    else
-     AC_MSG_ERROR([ssm not found])
-    fi
-  ]
-)
-CXXFLAGS=$ac_saved_CXXFLAGS
-LIBS=$ac_saved_LIBS
+
 
 # Checks for typedefs, structures, and compiler characteristics.
 #