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diff --git a/sci-biology/cbcanalyzer/metadata.xml b/sci-biology/cbcanalyzer/metadata.xml new file mode 100644 index 000000000000..fa6b3d622192 --- /dev/null +++ b/sci-biology/cbcanalyzer/metadata.xml @@ -0,0 +1,31 @@ +<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> +<!DOCTYPE pkgmetadata SYSTEM "http://www.gentoo.org/dtd/metadata.dtd"> +<pkgmetadata> + <maintainer> + <email>apokorny@gentoo.org</email> + <name>Andreas Pokorny</name> + </maintainer> + <herd>sci</herd> + <longdescription lang="en" > + CBCAnalyzer reads several CT-file formats (ct, RNAviz ct or Mac ct), + and generates a so called ``bracket-dot-bracket'' format that typically + is used as input for other tools such as RNAforester, RNAmovie or + MARNA. The latter one creates a multiple alignment based on primary + sequences and secondary structures that now can be used as input for + CBCDetect. CBCAnalyzer counts compensatory base changes in all against all + of the aligned sequences. + The count (distance) matrix obtained by CBCDetect is used as input + for CBCTree that reconstructs a phylogram by using the algorithm of BIONJ. + </longdescription> + <longdescription lang="de" > + CBCAnalyzer liest unterschiedliche CT-Format (ct, RNAviz ct oder Mac ct), + und generiert daraus ein sogenanntes ``Klammer-Punkt-Klammer'' Format, dass + normalerweise als Eingabe für Programme wie RNAforester, RNAmovie oder + MARNA dient. Letzteres erzeugt ein multiples Aligment primaer basierend auf der + Sequenz und sekundär basierend auf der Struktur, dies als Eingabe für + CBCDetect verwendet werden. CBCAnalyzer zählt dann kompensierende + Basiswechsel in allen Sequenzen. + Diese Zähl oder Distanzmatrix aus CBCDetect wird als Eingabe für CBCTree + verwendet, um ein Phylogram mit Hilfe des BIONJ-Algorithmus zu erzeugen. + </longdescription> +</pkgmetadata> |